As diretrizes para realização do Saeb 2019 foram apresentadas na Portaria nº 271, publicada no dia 25 de março, no Diário Oficial da União (DOU). Serão avaliadas todas as escolas públicas, e uma amostra de escolas privadas, que oferecem o 5º e 9º ano do Ensino Fundamental, e a 3ª e 4ª série do Ensino Médio.
Um detalhe lembrado pelo secretário Suamy diz respeito a avaliação da alfabetização, conforme solicitação da Secretaria de Alfabetização do Ministério da Educação (MEC), foi adiada para o Saeb 2021, quando as escolas de todo país tiverem implantado a nova Base Nacional Comum Curricular (BNCC) e estiverem ajustadas às políticas de alfabetização propostas pela referida Secretaria.
Uma amostra de escolas públicas com turmas do 9º ano do Ensino Fundamental fará, além das provas de Língua Portuguesa e Matemática, provas de Ciências da Natureza e de Ciências Humanas, tendo a BNCC como referência.O Saeb é aplicado em escolas de zona urbana e rural que tenham pelo menos dez estudantes matriculados nas etapas avaliadas.
As provas de Língua Portuguesa e Matemática seguirão as matrizes vigentes, preservando a comparabilidade entre edições e a manutenção da série histórica de resultados do Saeb e o Ideb, como previsto no Plano Nacional de Educação (PNE). As provas de Ciências Humanas e da Natureza não serão consideradas para este cálculo. Serão aplicados questionários para os diretores de escola, ou responsáveis legais das unidades escolares; professores e estudantes das turmas avaliadas.